5月13日，针对四川确诊首例甲型h1n1流感病例，按照省卫生厅和省总队甲型h1n1流感防控领导小组的要求，省总队集中力量，分片区，分小组，逐级分解责任，在前期开展全面督导基础上，对厅直医疗机构、重点地区医疗机构、疾病预防控制机构、学校、托幼机构、养老院等重点单位、重点环节开展甲型h1n1流感疫情防控措施落实情况进行巡回监督检查，对全省21个市（州）卫生监督机构开展甲型h1n1流感防控监督检查工作情况进行督导。
同时，省总队将甲型h1n1流感防控工作监督要点要求下发到各市（州）卫生监督机构，要求各地对辖区内医疗机构、疾控机构、实验室生物安全、学校、托幼机构、养老院、大型公共场所进行全覆盖监督检查。重点要对传染病报告、病例监测、预检分诊、医生首诊和发热门诊等制度落实情况进行认真检查。建立信息日报告制度，从5月14日起，省总队各巡回检查小组及市（州）卫生监督机构，每日下午5点前，向省总队甲型h1n1流感防控办公室书面报告工作进展及相关数据，省总队汇总后当日向省卫生厅应对甲型h1n1流感防控领导小组汇报。
为确保甲型h1n1流感防控监督工作的有力开展，省总队将甲型h1n1流感防控相关工作人员的工作时间调整为早上8：30至下午6：00，取消假期休息，领导带班，加强值班制度，保证24小时通讯畅通，人员随时待命。