事业单位财务管理制度是规定事业单位财政管理原则和财政运行机制，明确事业单位收支范围及权限的一系列制度。
(一)事业单位财务管理的特点
1.资金来源的多样性。这是指其资金来源具有多样性。事业单位的资金来源主要包括：财政补助收入、上级补助收入、事业收入、经营收入、附属单位上缴收入、其他收入。这种资金来源的多样性使得事业单位的财务管理变得比较复杂。不同性质的资金来源，需要有不同的财务制度加以管理。
2.管理目的的服务性。这是指财务管理要从财力上支持符合规章制度的管理活动开支，这是事业单位财务管理责无旁贷的义务。
3.管理程序的严密性。严密性指的是财务管理必须坚决维护有关财务管理方面的法律法规，必须遵循法定的程序，使用合法的手段和工具。
4.资金使用的节约性。在财务管理活动中应该节约使用每一笔资金，反对铺张浪费。
(二)事业单位财务管理的基本原则
1.执行国家有关法律、法规和财务规章制度。
2.坚持勤俭办事业的方针。
3.正确处理事业发展需要和资金供给的关系，社会效益和经济效益的关系，国家、集体和个人三者利益的关系。
(三)事业单位财务管理的主要任务
1.合理编制单位预算，如实反映单位财务状况。
2.依法组织收入，努力节约支出。
3.建立健全财务制度，加强经济核算，提高资金使用效益。
4.加强国有资产管理，防止国有资产流失。
5.对单位经济活动进行财务控制和监督。
二、事业单位预算管理
(一)预算管理的含义
事业单位预算是指事业单位根据事业发展计划和任务编制的年度财务收支计划。事业单位预算由收入预算和支出预算组成。国家对事业单位实行核定收支、定额或者定项补助、超支不补、结余留用的预算管理办法。
(二)预算的编制
事业单位参考前一年度预算执行情况，根据预算年度的收入增减因素和措施，测算编制收入预算;根据事业发展需要与财力可能，测算编制支出预算。事业单位预算应当自求收支平衡，不得编制赤字预算。
事业单位根据年度事业计划，提出预算建议数，经主管部门审核汇总报财政部门核定。事业单位根据财政部门下达的预算控制数编制预算，由主管部门汇总报财政部门审核批复后执行。
事业单位预算在执行过程中，国家对财政补助收入和从财政专户核拨的预算外资金一般不予调整。但是，上级下达的事业计划有较大调整，或者根据国家有关政策增加或者减少支出，对预算执行影响较大时，事业单位可以报请主管部门或者财政部门调整预算;非财政补助收入部分需要调增或者调减的，由单位自行调整并报主管部门和财政部门备案。收入预算调整后，相应调增或者调减支出预算。