１９９９年１２月２０日，中华人民共和国对澳门恢复行使主权，澳门特别行政区成立，xx出席有关活动。中国人民解放军驻澳门部队进驻澳门履行防务，何厚铧任首任行政长官。
２０００年３月２８日，珠海至澳门间的第二条陆路通道——莲花大桥正式通车。
２０００年１２月１９日，xx抵澳出席澳门特别行政区成立一周年庆祝活动。
２００１年８月３０日，澳门特区立法会细则性通过《娱乐场幸运博彩经营法律制度》，为澳门“赌权开放”提供了法律依据。２００２年３月３１日，特区政府与澳门旅游娱乐有限公司的博彩专营合同期满，博彩业独家专营时代终结。
２００３年５月，中央政府向澳门特区政府赠送抗击非典药品和物资。
２００３年７月，内地多个城市陆续实施居民赴澳门“个人游”，为澳门经济注入新的活力。
２００３年１０月１２日至１４日，“中国－葡语国家经贸合作论坛”及“投资洽谈会”在澳门举行。
２００３年１０月１７日，《内地与澳门关于建立更紧密经贸关系的安排》（ｃｅｐａ）及其附件在澳门正式签署。《安排》于２００４年１月１日起实施。此后，中央有关部门和特区陆续签署６项ｃｅｐａ补充协议。
２００４年８月２９日，澳门特别行政区第二任行政长官选举顺利举行，何厚铧获连任。
２００４年１２月１９日，国家xx抵达澳门，出席庆祝澳门回归祖国５周年大会暨澳门特别行政区第二届政府就职典礼，并为澳门西湾大桥落成纪念碑揭幕。
２００５年７月１５日，联合国教科文组织第２９届世界遗产委员会会议一致同意，将中国申报的唯一的世界遗产项目“澳门历史城区”作为世界文化遗产列入《世界遗产名录》。
２００５年１０月２９日至１１月６日，第四届东亚运动会在澳门体育场举行。
２００６年１２月，时任运输工务司司长欧文龙涉嫌严重受贿，被廉政公署依法拘留。２００８年１月和２００９年４月，欧文龙先后被终审法院合议庭以不同罪名裁定有罪，数罪并罚，被判入狱２８年６个月。
２００７年８月，澳门特区政府修改《免费教育津贴制度》，决定自２００７－２００８学年起，将为期３年的高中教育纳入该津贴制度的涵盖范围，这意味着１５年免费教育的全面落实。
２００８年５月，北京奥运圣火传递到澳门特区，这在澳门历史上是第一次，近半澳门民众约２５万人涌上街头争睹这一历史性时刻。
２００８年１２月１９日，中央政府高度重视国际金融危机对澳门的影响，出台了六方面九项措施助澳门抗金融危机。
２００９年２月２５日，特区立法会以绝对多数票赞成，细致性通过特区政府提交的《维护国家安全法》法案；３月３日，澳门《维护国家安全法》开始正式生效。《维护国家安全法》是根据《中华人民共和国澳门特别行政区基本法》第二十三条制定的。该法案共有１５条，规定了叛国、分裂国家等７种危害国家安全的犯罪行为及其相应的处罚。
２００９年６月２７日，十一届全国人大常委会第九次会议表决通过决定，授权澳门特别行政区对设在珠海横琴岛的澳门大学新校区实施管辖。
２００９年７月２６日，特区第三任行政长官选举举行，唯一候选人崔世安高票当选。８月１０日，国务院总理xx主持召开国务院全体会议，决定任命崔世安为中华人民共和国澳门特别行政区第三任行政长官，任期自２００９年１２月２０日起至２０１４年１２月１９日止。
２００９年１１月，国务院批复澳门特区政府，同意特区填海造地３６１．６５公顷，以建设澳门新城区。
２００９年１２月１５日，珠澳口岸人工岛开建，标志着港珠澳大桥正式动工。
２００９年１２月１９日，国家xx抵达澳门，出席２０日举行的庆祝澳门回归祖国１０周年大会暨澳门特别行政区第三届政府就职典礼。